维新政府建立后的某一天，在一个小村庄里，剑心遇见了一位美丽的少女神谷熏。交谈中得知有个叫比留间五兵卫的人冒充拔刀斋在村里作恶，阿熏手拿竹刀与之拼命，但不是对手。五兵卫手起刀落，眼看阿熏性命难保，千钧一发之际，一个人影风驰电掣般闪过，五兵卫劈了个空，而阿熏已在一位英俊的红发"少年"怀中。 　　阿熏见救自己的竟然是一位拿逆刃刀的剑士，而且还说自己就是杀人无数的斩人拔刀斋，她很想知道剑心为什么不再杀人，她也很想了解剑心的过去，她希望剑心结束流浪生活，在道场安家，用剑去实现保护受苦受难的人的愿望。

维新政府建立后的某一天，在一个小村庄里，剑心遇见了一位美丽的少女神谷熏。交谈中得知有个叫比留间五兵卫的人冒充拔刀斋在村里作恶，但熏不是对手。五兵卫手起刀落，眼看熏性命难保，千钧一发之际，一个人影风驰电掣般闪过，五兵卫劈了个空，而熏已在一位英俊的红发"少年"怀中。

经历了动荡的明治维新，日本迎来新的时代。在明治政府第十个年头，不祥的气息弥漫东京。恶德实业家武田观柳操纵女医师高荷惠研制新型鸦片，公开招揽落魄武夫，大肆收购周边土地，有条不紊地实现他的狼子野心。在此期间，以刽子手拔刀斋之名滥杀无辜的鹈堂刃卫引起了前新選组头目斋藤一的注意，也迫令隐姓埋名多年的拔刀斋本尊绯村剑心登场。